川口が試しに色々と弄ってみたbranchです

私が色々やったものをとりあえず一つのkawaguchi_oasobiフォルダにまとめて共有したいbranchです。PAMLは重すぎたので別売りです。(もう一度branch作ってmergeします)以下にこのbranchの詳細についての文章をDiscordから載せておきます。

ちなみにkawaguchi_oasobiフォルダにはmafftpam.fastaも入っていますが、musclepam.fastaとはかなり結果が異なっているようです。

1, alignment.py まず配列をアライメントしますinput：sequence10ko.fasta output：aligned_sequences.fasta

ここで、私の勝手な都合から、aligned_sequences.fastaをaligned_sequences1.fastaに変えました

2, tyousei.py 次のphilogeneticでerrorを吐かないように配列の名前と配列自体の間に空白を２つ(orそれ以上)追加します input：aligned_sequences1.fasta output：aligned_sequences.fasta

ここでのoutをaligned_sequences.fastaにしたいがために1とか適当に名前を変えたわけですね

3, saitousan_arigatou.py(philogenetic_tree.py) input：aligned_sequences.fasta output：tree.newick

4, PAML PAMLをインストールしたら次にぱむります。ctlファイルが必要になります。今回はtest.ctlという名前で作りました。 codeml test.ctlでぱむれます。ちなみにシーケンスが3の倍数じゃないと拒否られるので場合によっては適当にカットして3の倍数にする必要があるかもです。 input：aligned_sequences.fasta, tree.newick output：print関数(outputファイル指定してんのに書き込まれませんだるいです) なのでとりあえずprintで出力されたものをコピペという原始的な方法を取っています コピペしたものをpamttemita.txtとしました。(ぱむってみた.txt)

5,counter.py 進化的に保存されているって上手くいってりゃ被ってんのかな～と思ってなんとなく数えてみました。 input：pamttemita.txt output：pamttecounter.txt

PAML_to_fasta.py PAMLは全然fastaの形式で返してくれないので、上のtxtファイルをfastaの形式にするためのコードです input：pamttecounter.txt output：musclepam.fasta(個人的にMAFFTでぱむった奴と差別化するため)