alignment.pyを修正しました

alignment.pyに関する変更です。

MAFFTを実装しようとしましたがpythonのパッケージがなかったので、muscleをコマンドラインから直接実行することで一応解決しました。とりあえずsequence10ko.fastaをinput fileに、aligned_sequences.fastaをoutput fileにしていますが変更は自由です。

pandasとmuscleという必要のないパッケージを一度addしてからremoveしたので不具合が起きないことを祈っています。