Pythonファイル間でデータを直接受け渡す方法に変更

概要:

PamConAligner プロジェクトにおけるデータの処理方法の変更を提案します。現状ではデータを.fastaファイルに書き込んでから、次の処理のために再度読み取る方式をとっていますが、これをPythonファイル間でデータを直接受け渡す方法に変更することを考えています。

変更の理由:

効率性: ファイルへの書き込みと読み取りのオーバーヘッドが削減され、実行時間が短縮される可能性があります。データの完全性: 中間のファイル書き込みと読み取りのステップを避けることで、ファイルの破損やデータの損失のリスクが最小限になります。コードの簡略化: この変更により、コードがシンプルになり、アプリケーション内のデータフローがより理解しやすくなります。

具体的な例:

例えば、fetch_from_ncbi関数がNCBIからデータをフェッチし、それを.fastaファイルに保存する代わりに、そのデータを直接返すように変更します。その後、次の処理を担当する別の関数（例: process_sequence_data）が、このデータを引数として受け取り、直接処理を行うように変更します。

次のステップ:

現行の実装を確認し、.fastaファイルが書き込まれて読み取られる場所をすべて特定します。この変更を分岐や開発環境で計画、テストし、提案された変更が新しい問題を導入しないことを確認します。テストが完了したら、変更をメインブランチに統合し、ドキュメントや使用ガイドをそれに応じて更新します。

変更前: fetch_from_ncbi.py

from Bio import Entrez, SeqIO

def fetch_from_ncbi(email, search_term, output_path, database='nucleotide', retmax=10): Entrez.email = email handle = Entrez.esearch(db=database, term=search_term, retmax=retmax) record = Entrez.read(handle) handle.close()

fasta_records = []
for uid in record["IdList"]:
    handle = Entrez.efetch(db=database, id=uid, rettype="fasta", retmode="text")
    fasta_records.append(SeqIO.read(handle, "fasta"))
    handle.close()

SeqIO.write(fasta_records, output_path, "fasta")

process_sequences.py

from Bio import SeqIO

def process_sequences(input_path): sequences = SeqIO.parse(input_path, "fasta") # ここでさまざまな処理を行います

変更後: fetch_from_ncbi.py

from Bio import Entrez, SeqIO

def fetch_from_ncbi(email, search_term, database='nucleotide', retmax=10): Entrez.email = email handle = Entrez.esearch(db=database, term=search_term, retmax=retmax) record = Entrez.read(handle) handle.close()

fasta_records = []
for uid in record["IdList"]:
    handle = Entrez.efetch(db=database, id=uid, rettype="fasta", retmode="text")
    fasta_records.append(SeqIO.read(handle, "fasta"))
    handle.close()

return fasta_records

process_sequences.py

def process_sequences(sequences): # ここでさまざまな処理を行います

main.py (新しい統合スクリプト)

from fetch_from_ncbi import fetch_from_ncbi from process_sequences import process_sequences

email = "your_email@example.com" search_term = "example_search_term" sequences = fetch_from_ncbi(email, search_term) process_sequences(sequences)

上記の変更により、中間の.fastaファイルを介してのデータのやり取りが不要になり、データは関数から直接関数へと渡されるようになります。