main.pyの作成

実行コマンド fasta_fileのpathを引数に実行 python main.py --input_gene_path "data/input_gene.fasta 類似配列の収集にはblast.pyを使用.

変更点 各ファイルで相対パスを使ってディレクトリを動的に作成するようにした。以下のステップは処理を一般化したものです

ステップ1: 必要なモジュールをインポートする

import os

ステップ2: 現在のディレクトリを取得する

スクリプトの現在のディレクトリを取得して、そのディレクトリに基づいて相対パスを解決します。

current_dir = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))

ステップ3: 出力ディレクトリのパスを設定する

相対パスを使って出力ディレクトリのパスを設定します。これをcurrent_dir変数と組み合わせて使用します。

output_dir = os.path.join(current_dir, 'relative/path/to/your/directory')

ステップ4: ディレクトリが存在しない場合にディレクトリを作成する

os.path.exists()関数を使ってディレクトリが存在するかどうかを確認し、存在しない場合はos.makedirs()関数を使ってディレクトリを作成します。

if not os.path.exists(output_dir):
    os.makedirs(output_dir)

ステップ5: ファイルを保存する

最後に、新しく作成したディレクトリにファイルを保存します。

output_file_path = os.path.join(output_dir, 'your_filename.extension')
# ここでファイルを保存します
# 例: image.save(output_file_path)

まとめ

上記のコードスニペットは、モジュール化されたPythonファイルで相対パスを使用してディレクトリを作成する方法を示しています。__file__変数を使用して現在のスクリプトのパスを取得し、それを基に相対パスを設定します。そして、ディレクトリが存在しない場合にディレクトリを作成します。このアプローチを使用すると、Pythonスクリプトがどこから実行されているかに関係なく、ディレクトリが正しく作成され、ファイルが正しく保存されます。