phastCons.pyスクリプトを作成して進化的保存領域の分析を行う

進化解析の能力を拡張するため、進化的保存領域のシーケンスを分析するためにphastConsツールを利用するphastCons.pyスクリプトを導入します。

このスクリプトは以下の責任を持ちます：

  • 入力: FASTA形式のファイルを入力として受け取り、そこに含まれるシーケンスを読み取ります。
  • 解析: 入力ファイルのシーケンスの進化的保存をphastConsツールを使用して分析します。
  • 出力: 次の出力ファイルを生成します：
    • 進化的に保存されていると見られるシーケンスを含むFASTAファイル。
    • シーケンスの保存スコアを示すグラフィカルな表現（プロット）。

要件:

  • Python 3.8 またはそれ以降のバージョン
  • BioPythonライブラリ
  • phastConsツールと必要な依存関係を環境にインストールおよび設定

タスク:

  • タスク 1: phastConsツールのための環境をセットアップします。
  • タスク 2: FASTAファイルからシーケンスを読み取るPython関数を作成します。
  • タスク 3: phastConsツールを使用してシーケンスを分析するPython関数を作成します。
  • タスク 4: 進化的に保存されたシーケンスをFASTAファイルに書き込むPython関数を作成します。
  • タスク 5: 保存スコアを示すプロットを生成するPython関数を作成します。
  • タスク 6: ユーザーの入力（コマンドライン引数）に基づいて上記の関数の実行を指揮するメイン関数を作成します。
  • タスク 7: スクリプトが正しく機能することを確認するテストを書きます。
  • タスク 8: スクリプトを文書化して、次を含めます：
    • 環境のセットアップ方法
    • スクリプトの使用方法（例付き）
    • 出力ファイルの説明

受け入れ基準:

  • スクリプトはphastConsツールを使用して一連のシーケンスの進化的保存を分析できるようにするべきです。
  • スクリプトは正確かつ解釈可能な出力（FASTAファイルとプロット）を生成するべきです。
  • スクリプトは他のチームメンバーがそれを使用する方法と出力が何を表しているかを理解できるように文書化されるべきです。

付加的資源:

期限: XX/XX/XXXX

追加のタスクやメモが必要であれば、気軽に追加してください。このスクリプトを成功裏に完成させるために協力しましょう！